党的十一届三中全会以来，兰州分院经历了前十年（1978年12月—1987年12月）拨乱反正，纠正文化大革命“左”的错误，使科研工作重新走上健康的发展轨道，进行改革探索的时期 和后二十年（1988年1月—2008年8月）继续深化改革 ，启动知识创新工程试点工作。　 
　　（一）拨乱反正、进行改革探索时期（1978年12月—1987年12月）
　　1979年5月，经中科院批准，中科院西北分院图书馆恢复中科院兰州图书馆并改为所级建制（地级）。6月，中科院青海生物所恢复原名西北高原生物所，由院和省双重领导，以院为主；1980年8月11日，中科院决定将渗流力学研究室从兰州冰川冻土沙漠所所划出，由兰州分院直接管理；8月22日，中科院决定将青海盐湖所和西北高原生物所划归兰州分院管理；1981年3月，兰州分院科学技术学校在兰成立；1986年9月9日，兰州渗流力学研究室改由石油部和中科院双重领导，以石油部为主，迁址到河北廊坊；1987年8月20日，中科院决定，将中科院兰州图书馆更名为中科院兰州文献情报中心，对外仍保留使用中科院兰州图书馆名称。
　　 1978年党的十一届三中全会以来，兰州分院各所坚持“以科研为中心”，认真贯彻“两个侧重”（侧重基础、侧重提高）和“两个服务”（为国民经济服务、为国防建设服务）的办院方针。分院各所经过拨乱反正，纠正文化革命“左”的错误，使科研工作重新走上了健康发展轨道，科研环境和科研人员的精神面貌发生了巨大的变化。分院发挥了与地方政府和有关部门联系的桥梁作用，疏通有关渠道，协调上下关系；同时，抓了分院的发展规划、边远地区某些科技政策的研究；组织协调分院各所多学科之间跨所的综合重大科研项目，组织科技力量为西部经济建设服务；面向研究所，搞好生活后勤服务、技术后勤服务和管理综合服务。到1987年，时任院长魏宝文，副院长范璞、王大政、何易，党组书记李谘，成员魏宝文、范璞、王大政、何易。