肠道菌群作为宿主肠道内环境的重要组成部分，在宿主的健康、营养代谢、能量获取等方面发挥重要作用。研究表明，肠道菌群具有较强的可塑性，其组成及功能会随着外界环境的变化而变化。当外界环境对宿主的肠道菌群造成不可逆的影响后，会造成宿主肠道内环境的紊乱，严重时会导致其原生肠道菌群的丧失或灭绝，影响宿主的生存与繁衍。近年来针对濒危野生动物肠道菌群的研究逐渐增加，该类研究在探究濒危物种遗传机制、生存现状、极端环境适应性演化以及健康评估、营养及代谢水平等多个方面发挥重要作用，开展野生动物原生肠道菌群研究对野生动物的保护以及全球生物多样性维持具有重要意义。

中国科学院西北高原生物研究所动物生态与资源保护研究团队利用16S rRNA基因测序对野生和动物园两种环境中岩羊肠道菌群的组成和功能进行了深入研究，结合性别和季节因素，探究动物园圈养环境对岩羊原生肠道菌群组成及功能的影响。结果表明，厚壁菌门和拟杆菌门是岩羊的优势菌门，UCG-005、拟杆菌属和UCG-010为优势菌属。较圈养岩羊，野生岩羊肠道菌群网络结构复杂度和Alpha多样性更高，代谢功能显著增强，与纤维素、半纤维素和碳水化合物的分解和利用的菌群丰度增加，且不同性别的野生岩羊其肠道菌群的组成和功能会随着季节及自身生理需求的变化而发生不同的调整，原生的肠道菌群及其较强的可塑性对野生岩羊适应多变的环境具有重要作用。在动物园中，圈养岩羊长期被喂食富含高脂肪和蛋白质的精饲料，导致岩羊肠道菌群Alpha多样性较野外的岩羊显著降低，拟杆菌门的丰度显著增加，代谢功能减弱，不同性别岩羊肠道菌群组成及功能在不同季节也趋于一致。研究认为，圈养环境导致的岩羊肠道菌群组成及功能的变化对岩羊本身来说是不利的，在一定程度上会削弱其肠道菌群对外界环境的适应能力，会对岩羊的生存及繁衍造成潜在影响。另外，动物园作为野生动物迁地保护的重要场所，保持野生动物肠道菌群的原真性对其物种保护以及野化放归也至关重要。

研究论文以 Maintaining the native gut microbiota of bharal (Pseudois nayaur) is crucial in ex situ conservation 发表在 Frontiers in Microbiology（中国科学院二区top期刊）。西北高原所高红梅助理研究员为第一作者，张同作研究员为通讯作者。该研究得到了第二次青藏高原综合科学考察（2019QZKK0501）和青海省科技计划（2021-ZJ-951Q）项目的支持。研究工作依托中国科学院高原生物适应与进化重点实验室和青海省动物生态基因组学重点实验室。

论文链接：https://doi.org/10.3389/fmicb.2024.1357415

岩羊肠道菌群群落丰富度（a）和均匀度（b）稀释曲线；不同组间ASV数量花瓣图（c）；门水平（d）和属水平（e）岩羊肠道菌群相对丰度堆积直方图